La pastoral es un programa de evangelización educativa que apoya a todas las áreas, pero de la misma manera cada una de las asignaturas y departamentos participa de manera directa en el proyecto pastoral. Todos los miembros al vivir el PEI ejecutan implícitamente la pastoral. El LHEMI no es una institución educativa con pastoral sino una escuela en pastoral, esto significa que todas nuestras acciones formativas comulgan con la intención de los resultados pastorales.
Teniendo claro los horizontes y los lineamientos la comunidad liceísta indagó por las necesidades que debían ser atendidas por la pastoral orgánica y se establecieron siete ámbitos que responden al macro-proceso pastoral: Litúrgico-sacramental, acompañamiento, educativo, social, infantil-juvenil, familiar y formación.
Ámbito de la Pastoral en Formación: Atiende y refuerza la consecución del perfil de egreso en los estudiantes del LHEMI desde la formación en habilidades para la vida, su desarrollo afectivo y sexual y en los principios de la identidad lasallista.Líder: Jhon Jairo Gélvez
Ámbito de la Pastoral Social: pone en práctica la doctrina social de la Iglesia mediante acciones concretas de servicio a la sociedad colombiana y a la Iglesia universal, dando la oportunidad a los estudiantes de tener un contacto directo con la realidad nacional y tener una praxis concreta.Líder: Edgar Thomás
Ámbito de la Pastoral Litúrgico-sacramental: congrega a la comunidad educativa en la celebración de la vida de fe y la manifestación sentida del llamado de la asamblea que ha sido convocada, haciendo un acompañamiento continuo para una viva práctica sacramental.Líder: P. Duverney Rojas
Ámbito de la Pastoral infantil y juvenil:desea generar espacios de crecimiento para los niños, niñas y jóvenes del Liceo Hermano Miguel La Salle, creando espacios de desarrollo personal y espiritual, comprometiendo a los estudiantes en el espíritu de los valores evangélicos y preparándolos para asumir su rol de líder.Líder: Marcela Romero
Ámbito de la Pastoral Familiar: contribuye en capacitación y formación de las familias que integran el Liceo en su labor de formación de los niños y jóvenes para lograr competencias como ciudadanos comprometidos y creyentes coherentes.Líder: Daniel Fuentes
Ámbito de la Pastoral orgánica:es la encargada de organizar, vincular y estructurar la pastoral del Liceo como un único proyecto transversal.Líder: Coordinador Diego Caicedo